Tọa lạc trên núi Thành Đẳng hai bên Thanh Long, Bạch Hổ chầu phục, chùa còn là sự nối dài của dãy Linh Sơn Yên Tử, gắn liền với tên tuổi của Trúc Lâm Ma Ha Sa Môn Tuệ Bích Phổ Giác Thiền Sư (1658-1757). Tuy nhiên chùa xưa chỉ còn là phế tích. Để phát huy giá trị của địa linh Phật giáo này, chùa Ba Vàng đã được liên tiếp đầu tư tôn tạo. Vào năm 1988 Chùa được trùng tu lại bằng gỗ và đến năm 1993 thì được xây dựng lại bằng xi măng với diện tích 55m2.
Những dấu tích kiến trúc gạch ngói vùi lấp bên dưới nền chùa hiện nay lộ ra cho thấy chùa đã được xây dựng ít nhất vào thế kỷ 13, quy mô khá rộng. Do thời gian, mưa nắng và biến động của lịch sử mà chùa dần dần bị đổ nát dẫn tới hoang phế.
Hiện vật đáng chú ý nhất của chùa Ba Vàng còn sót lại tới hôm nay là một số di vật bằng đá, bao gồm 1 bia đá cao 0,52 m, rộng 0,38 m, dày 0,12 m, 2 con rùa đá và 1 cây hương bằng đá cao 1,2 m 4 mặt, mỗi mặt rộng 0,22 m. Theo dòng chảy thời gian, chữ Hán trên bia đá và cây hương đá đã mòn, rất khó đọc.
Riêng cây hương bằng đá, phần lớn chữ ở mặt bia đã bị phai mờ, chỉ còn lại một số chữ lớn giáp đầu bia ghi các chữ: Thành Đẳng Sơn, Bảo Quang tự, Thiên đài trụ. Nghĩa là trụ đài đá chùa Bảo Quang, núi Thành Đẳng.
Đến năm 2007, Đại đức Thích Trúc Thái Minh – đã được chính quyền và nhân dân địa phương tha thiết thỉnh cầu về làm trụ trì chùa Ba Vàng.
Tháng 1 năm 2011, để đáp ứng nhu cầu tu học của Tăng Ni, Phật tử và hoằng dương Phật Pháp, ngôi chùa một lần nữa được khởi công xây dựng lần thứ tư với quy mô to lớn khang trang.
Sau 3 năm xây dựng, chùa đã hoàn thiện một số hạng mục như: Ngôi Đại Hùng Bảo Điện (4500m2), Lầu Chuông (112 m2), Lầu Trống (112 m2), Hành Lang La Hán (200m2), Nhà Bảo Tàng (700 m2), Thư Viện (700 m2), Khu Nhà Tăng (1600 m2), Thiền Đường (960 m2), Cổng Đá, Cổng Tam Quan Trung, Cổng Tam Quan Nội, và một số công trình phụ.
Ngày 9/3/2014 (9/2/ Giáp Ngọ ) chùa Ba Vàng tổ chức Đại Lễ Khánh Thành và đưa vào sử dụng.